食管癌的治疗取决于它的类型、位置和分期，同时也和病人的年龄、基本健康情况和个人选择有关。治疗的首要目标是彻底清除肿瘤。如果无法达到，次级目标可能就是防止肿瘤继续长大或引起更多损害。对于有些患者来说，姑息性治疗可能是最好的选择。姑息性治疗的目的不在于清除或延缓病变，而是在于帮助缓解症状和尽可能使病人感到舒适。
手术治疗
手术是清除食管癌本身的最常用方法，也常用于缓解症状，特别是吞咽困难。如果你有巴瑞特氏食道症，而且食管上一直有很不正常的细胞 (高度不典型增生)，医生也会建议你进行手术治疗。根据癌症的性质不同，可以有两种手术方式：
- 食管切除术：医生一般认为，这种手术适合于早期的、没有侵犯到胃的食管癌。在这项手术中，医生切除有癌细胞的那部分食管以及临近淋巴结，然后将剩下的食管重新连接。在有些病例中，胃被直接上提到食管进行连接 (如下图所示)，在另外一些病例中，医生可能会切取患者的部分大肠来代替被切除的食管。
- 食管胃切除术：这项手术用于进展期的食管癌。医生切除你的部分食管、附近的淋巴结和上部的胃。剩下的胃组织被上提，和剩下的食管连接。如果需要，医生可能会切取你的部分结肠，用它来连接剩下的食管和胃。
做食管癌手术是比较复杂的，有一定的难度，可能的风险包括感染、出血、食管接合处泄露等。因此，如果你需要进行这项手术，尽可能找有多年食管癌手术经验的医生。
化疗
使用药物杀死癌细胞是治疗食管癌的另一种方式。化疗药物可以通过静脉输注，也可以口服，到达全身各处后会攻击食管上的以及扩散到身体其他部位的癌细胞。你一般需要联合使用多种化疗药物，并进行几轮的化疗，在每一轮化疗期间有间隔，以便身体得到恢复。化疗的用处有几种，如果在手术前使用，它可以帮助缩小肿瘤；如果病人不适合做手术，化疗可以与放疗结合进行癌症治疗；化疗也可以用来缓解晚期食管癌患者的症状。
不幸的是，化疗药物除会杀死癌细胞外，也会影响正常的细胞，特别是消化道和骨髓中快速生长的细胞。因为这个原因，化疗常会导致一些副作用，包括：恶心、呕吐、口腔溃疡、疲劳、以及因白细胞减少而容易感染等。好在并不是所有人都会有副反应，而且如果出现，现在也有更好的方法控制它们。
放疗
放疗可以和化疗联合使用，是治疗食管癌的一种主要方法。放疗也可用于手术前以缩小肿瘤，或者用于缓解疼痛和吞咽困难的症状。最常用的放疗形式是外放疗，即放射线来自体外的某个机器。但有的时候，可以将包含放射性物质的薄塑料管置于食管癌附近进行内放疗。
放疗最常见的副作用是疲劳，它一般在放疗的后期会更加明显。其他的副作用包括：治疗的部位出现皮疹或发红、胃口差、食管溃疡并引起严重吞咽问题等。有时候，吞咽会变得非常困难，以致于在放疗期间需要使用喂养管来提供营养。好在这些副作用一般来说都不是永久的，而且大部分是可以治疗或控制的。长期的副作用很罕见，但是一旦发生可能会很严重，比如可能出现炎症和肺组织瘢痕化。
光动力学疗法
这种治疗一般用于缓解疼痛和食管梗阻，但最近也被尝试用于对早期食管癌的治疗。在这个治疗中，你先注射一种光敏性药物，它们在癌细胞中存留的时间比在正常细胞中要长。然后在内窥镜的帮助下，用激光来定向照射癌细胞所在的食管部位。早先注入的光敏性药物在激光的照射下会产生一种活性氧，它可以摧毁癌细胞。当然，光动力学疗法并不是没有副作用。它会造成你的皮肤和眼睛在治疗后至少六周内对光敏感，因此在这期间，当你出门时或在太亮的地方，你需要穿有保护作用的衣服和佩戴太阳镜。
临床试验
如果你的食管癌已经到了晚期，而且不容易通过现有的方法进行有效治疗时，你也可以考虑参加临床试验。临床试验是用来检测新疗法的有效性。新疗法可以是一种新药或者新的治疗方式。如果这种新疗法经试验证明比现有的治疗更加安全或更有效，那么就可能成为新的治疗标准。需要强调的是，临床试验可能有严重的、无法预料的副作用，而且不能保证你将从这种试验中获益。