在感染肺结核病菌 2~8 周后，你的免疫系统开始攻击这些病菌。有时你的免疫细胞会完全杀死并清除结核病菌，但有时只能包围并隔离它们。这些在肺部的病菌可能会在隔离状态下存活许多年 (即处于休眠状态，称为潜伏性肺结核)。潜伏性肺结核在肺结核皮试中显示为阳性，但是在这种情况下，患者不会感觉到得病，也没有症状出现，同时也不会把疾病传给他人。感染肺结核病菌后还有一种情况 (也是最糟糕的情况) 是你的免疫系统防御完全失败，导致病菌不断繁殖并传播到肺部其余部分，以及身体的其它部位，这就是活动性肺结核。如果不进行治疗，许多活动性肺结核患者会死去。
有时肺部感染结核菌后要经过数年才逐渐发展为活性结核感染。这通常是在当你的免疫系统变得虚弱时，它们无法再控制肺结核细菌继续处于休眠状态，这些被隔离的细菌开始活跃起来。许多因素会导致免疫系统的削弱，包括衰老、吸毒、酗酒、营养不良、化疗、长期使用处方药 (例如皮质激素类) 以及感染疾病 (如艾滋病)。大约十分之一的潜伏性肺结核在将来的某个时候会发展为活动性肺结核。
导致目前全球肺结核危机的原因有许多。最主要的原因就是 HIV，即艾滋病病毒的传播。这是因为感染艾滋病病毒会抑制免疫系统，使得艾滋病患者更易感染上肺结核或控制肺结核病菌更加困难。反过来，肺结核也会增加艾滋病病毒繁殖的速度。所以说，同时感染上肺结核与 HIV 犹如 “雪上加霜”，各自都会引起对方的恶化。目前肺结核是艾滋病患者的主要死亡原因之一。
