治疗潜伏性肺结核
如果化验结果表明你感染了肺结核，但不是活动性结核病患者，医生可能会建议你采用预防药物疗法 (例如异烟肼) 来杀死休眠状态的结核菌，以免将来发作。
治疗活动性肺结核
如果诊断为活动性肺结核，医生可能让你同时服用几种药物 (例如异烟肼、利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺) 来彻底除去肺结核病菌。
彻底治愈非常重要
因为肺结核病菌生长缓慢，因而治疗活动性结核病时间很长 (通常需要 6~12 个月)。经过几周治疗后，你不再具有传染性并且可能开始感觉变好，但是完成整个疗程是至关重要的，并且要按医生药方按时服药。太早停止治疗或漏服药物都会引起耐药菌株的出现，这会使病情更加危险，治疗更加困难。抗药菌株如果得不到控制会很快变得具有致命性，尤其是对那些免疫系统受损的人。
副作用
治疗肺结核药物的副作用并不常见，但是一旦出现有可能非常严重。所有肺结核药物对肝脏有毒性。因此，在治疗期间避免服用醋氨酚 (一种镇痛退烧药)，并且避免或限制饮酒。这两者都会增加肝脏损伤的风险。
耐药性肺结核的治疗
耐药性肺结核是指很难用现有药物治愈的肺结核病。这往往是由于在首次感染发作后未完全治愈造成的，包括因为病人漏服或没有完成整个疗程，或者是因为错误的疗法。这给了病菌变异的时间，从而产生对许多肺结核药物有耐药性的新菌种。
一些耐药性肺结核病能够被治愈，但是这往往需要使用一些高毒性的药物经过至少两年的时间治疗。即使经过治疗，许多感染耐药性肺结核病菌的患者也很难幸免于难。并且即使成功治愈，感染这种结核菌的患者可能需要进一步的手术以切除肺部长时间感染的区域或者需要修复肺部的损伤。
治疗耐药性肺结核比非耐药性肺结核病花费要昂贵的多，这使得许多人难以承受治疗的费用。因为这些耐药结核菌感染会蔓延传播，可能导致所有结核病变得耐药而不能被治愈，因而一些专家认为无效的治疗最终比不治疗情况更糟。
对同时有艾滋病的肺结核病人的治疗
对于同时感染有肺结核病菌和艾滋病病毒的人来说治疗的难度更大。HIV 阳性患者非常容易发展为耐药性肺结核，并且能够很快的从潜伏结核感染发展为活动性结核病。另外，目前治疗艾滋病药效最好的药物和治疗肺结核药物相冲，会互相减弱药效。如果得不到有效治疗，大多数患有艾滋病和肺结核的患者通常会在短短几个月的时间内死亡。这种情况下，最主要的死因是肺结核，而不是艾滋病。
