如果不接受治疗，乳糜泻患者可能会出现一些严重的并发症，包括：
- 营养不良： 乳糜泻患者如不接受治疗可能会导致吸收功能受损，并逐渐出现营养不良的表现。由于人体必需的营养物质 (例如维生素A、B12、D、E、K，叶酸和铁) 通过大便直接流失，无法被吸收进入血液供人体所用，久而久之，乳糜泻患者就会患上贫血和出现体重下降。儿童出现营养不良时会造成生长发育迟缓。
- 钙流失和骨密度下降： 由于脂肪成分无法被吸收而随大便排出，这会导致钙质与维生素D的流失，从而引起骨软化症与骨密度下降 (即骨质疏松症)。此外，钙质吸收的减少还可能引起肾结石。
- 乳糖不耐受： 由于乳糜泻患者的小肠绒毛遭到了破坏，因此在摄入其他即使不含谷蛋白的食物时也有可能出现腹痛与腹泻的症状。有些乳糜泻患者还可能出现对奶制品 (乳糖) 不耐受的情况。如果发生这种情况，您只好同时避免食用含有乳糖和谷蛋白的食物了。对大多数乳糜泻患者，当他们的肠道粘膜经治疗恢复功能后，对乳糖的不耐受也会好转。但也有一些患者即使在成功治疗了乳糜泻后仍会持续表现为乳糖耐受不良，如果您属于这部分患者，那么您就需要继续避免食用含有乳糖的食物。
- 癌症： 如果不接受治疗，乳糜泻患者出现某些癌症的风险较正常人要高，特别是肠道淋巴癌与肠道癌。
- 神经系统并发症： 与正常人相比，乳糜泻患者更有可能患上一些神经系统疾病，包括癫痫发作 (癫痫症) 与神经受损 (周围神经病)。
