正常情况下，你所吃下去的东西在消化过程中都是保持液态的，大部分的液体直到经过结肠时才被吸收，剩下的一点水分与不能被吸收的食物残渣形成半固体状态的大便。发生腹泻时，你吃下的东西没有被好好消化，经过结肠时的速度太快或者量太多 (也可能两者都有)，以至其中的液体无法被充分吸收，结果就形成了水样便。另外，如果结肠的粘膜有炎症，从而影响了它吸收液体的能力，也可能会导致腹泻。
腹泻潜在的病因包括：
- 病毒感染：许多种类的病毒可以引起腹泻。轮状病毒是最常见的引起儿童急性腹泻的病毒。病毒性腹泻很容易传染给其他人。
- 细菌和寄生虫感染：由细菌和寄生虫引起的腹泻 (通常通过污染的食物或水源) 常见于在发展中国家和卫生条件差的地方旅行时，因此也叫做旅行者腹泻。
- 药物副作用：许多种药物可以引起腹泻。最常见的是抗生素。抗生素在杀死肠道中有害细菌的同时，也会杀死有益的细菌，这就破坏了肠道内自然菌群的平衡，从而导致腹泻。
- 某些糖类和人造甜味剂：乳糖 (一种存在于牛奶或牛奶制品中的糖类)、果糖 (一种存在于很多水果中的糖类)、人造甜味剂 (例如山梨糖醇、甘露醇) 等也可以引起某些人的腹泻。
- 手术：有些人在进行腹部手术或胆囊切除手术后会发生腹泻。
- 其他消化系统疾病：慢性腹泻有很多其他的病因，例如克罗恩病、溃疡性结肠炎、乳糜泻、肠易激综合征等。