甲减如果不治疗，可导致一系列的健康问题，包括：
- 甲状腺肿：甲减患者因甲状腺素不足，其甲状腺被迫处于超负荷的工作状态，以分泌更多的甲状腺素，这可导致腺体变大，出现甲状腺肿。桥本甲状腺炎是引起甲状腺肿最常见的原因之一。患上甲状腺肿之后，虽然不会有什么特别的不舒服，但它可影响你的外表，以及影响吞咽或呼吸。
- 心脏问题：甲减可能会增加心脏疾病的风险，其主要原因是它会升高低密度脂蛋白 (LDL，也就是所谓的“坏”胆固醇) 的水平。即使患的只是那种更加轻微的亚临床甲状腺功能减退症，也会导致总胆固醇水平的增加，损害你的心脏能力，包括可能引起心脏扩大和心力衰竭。
- 精神问题：甲减可能会引发抑郁症，而且这种情况可能会越来越严重。另外，甲减也可能损害大脑机能。
- 粘液性水肿：长期的、未经治疗的甲减可能会引起一种罕见的、可危及生命的粘液性水肿。它的症状包括极度怕冷、困倦、嗜睡以至昏迷。这种昏迷可由镇静剂、感染或其他因素诱发。如果出现粘液性水肿的症状，你需要紧急治疗。
- 不孕：对于女性来说，甲状腺素水平过低会干扰排卵，导致怀孕困难。此外，引起甲减的一些病因，比如自身免疫性疾病，也会损害生育能力。通过服用人工合成的甲状腺素虽然对恢复生育能力有帮助，但你可能还需要其它方法来进一步提高怀孕能力。
- 出生缺陷：相对来说，患有甲减的孕妇生出的小孩，其出现先天性缺陷的风险要高一些，尤其是在智力和发育上更容易出现问题。如果婴儿的甲状腺功能天生就有缺陷，不经治疗的话，身体和心智的发育也往往会有问题。不过，好消息是，如果这种缺陷在出生的头几个月里就被诊断出来，而且接受治疗，那么患儿的发育一般不会受影响。