在真正的食物过敏中，患者的免疫系统错误地把一种特定食物或食物中某一组分识别为有害物质 (它们被称为 “过敏原”)。初次接触时，你的免疫系统会产生免疫球蛋白 (IgE) 抗体来对付这些食物或食物组分。当下一次，即使你只吃了一丁点那些食物，免疫球蛋白 (IgE) 抗体就能感觉到它并且会向你的免疫系统发出信号以释放组胺和其它化学物质进入你的血液。这些化学物质能引起一系列过敏症状，包括有流鼻涕、眼睛发痒、咽喉干燥、皮疹和麻疹、反胃恶心、腹泻、呼吸困难甚至过敏性休克。
绝大部分的食物过敏是由下列食物中含有的某些蛋白质引起的 ：
- 鸡蛋
- 花生
- 鱼
- 甲壳类水产： 如虾、龙虾和螃蟹。
- 树坚果： 如胡桃和山核桃。
对于孩子，由下述食物中所含蛋白质引起的食物过敏也很普遍：
- 牛奶
- 小麦
- 大豆
由于食物不耐受引起的一些症状和食物过敏的症状相同 (如反胃恶心、呕吐、筋挛和腹泻)，因此很多人常常会把这两者搞混。事实上，食物不耐受和你的免疫系统或释放的组胺没有关系，它不是真正的食物过敏。如果你对某一食物不耐受，你可能少吃一点而不会有任何不良反应。但是如果你对该食物过敏，即使是很微小的一点也能引起食物过敏反应。
诊断食物过敏的一个棘手的问题是：一些人对食物本身不过敏，而是对食物添加剂中的某种物质或成分过敏。例如，亚硫酸盐防腐剂可能对有些 “敏感” 的人引发哮喘。
常见的 “非过敏性” 食物不良反应包括：
- 缺少消化食物所必需的酶： 你可能没有足够量的用于消化某些食物的酶。例如，乳糖分解酶缺少会导致你难以消化奶制品中的乳糖。这种对乳糖的不耐受可能引起腹胀、筋挛、腹泻和胀气。
- 肠应激综合症： 一些食物可能引起肠应激综合症症状，导致痉挛、便秘或腹泻。
- 食物中毒： 有时食物中毒和过敏反应的症状相同。例如，有一些种类的蘑菇是有毒的，变质的金枪鱼和其它鱼中含有的细菌也能产生毒素并引发有害反应。
- 心理因素： 有些人一想到一种食物就可能感到恶心，其原因还没有完全明白。
