目前医学界还不十分清楚是什么诱发了克罗恩病患者的肠道炎症，但至于哪些因素不会引发克罗恩病，现在有了一定的共识，也就是说，尽管精神压力和不良饮食会加重克罗恩病的症状，但是医学界不再认为它们是该病的 “元凶”。相反，目前大多认为可能的病因包括：
- 免疫反应：克罗恩病有可能是因为某种病毒或细菌的入侵而引发的，即当人体的免疫系统在设法清除这些入侵的微生物时，可能会导致消化道发炎。
- 遗传：医学专家发现，大约 20% 的克罗恩病患者其父母、兄妹或孩子也患有此病。进一步的研究还发现，很多克罗恩病患者的 NOD2 基因发生了突变，这种基因突变似乎会导致患者较早起病以及手术治疗后出现较高的复发率。
