诊断克罗恩病的常用方法包括：
- 结肠镜检查：在这项检查中，医生使用结肠镜 (一条顶端带有摄像头的纤细、柔韧、发光的管子) 来观察整个结肠，同时医生还可以使用结肠镜摄取一点可疑组织进行进一步的实验室分析 (即活检) 以帮助确诊。
- 乙状结肠镜检查：在这项检查中，医生使用乙状结肠镜 (也是一条顶端带有摄像头的纤细、柔韧、发光的管子) 来观察你的乙状结肠 (即结肠后端大约60 厘米的部分)。这项检查通常只需要几分钟，但它不能检测出位于结肠前端和小肠的病灶。
- 钡剂灌肠检查：在进行这项检查之前，医生以灌肠的形式将钡剂 (一种对比剂) 注入病人的肠道中，然后通过X线来检查病人的大肠。由于钡剂灌肠检查不像结肠镜检查那样精确，因此它不是评估结肠的最佳方法，但是医生可以将它和乙状结肠镜检查联用以提高精确度。另外这种检查手段也可以用于那些无法进行结肠镜检查的患者。
- 小肠X线检查：它主要用于检查结肠镜无法看到的小肠部分。检查前，医生以灌肠的形式将钡剂注入病人肠道中，然后通过X线来检查病人的小肠。这种检查不仅能够帮助定位克罗恩病中常出现的小肠狭窄或发炎区域，还可以帮助医生判断病人患上的是哪一种炎症性肠病。
- CT扫描：CT扫描是一种特殊的X线检查技术，与普通的X线检查相比，它能提供更为详尽的信息。CT扫描不仅可以让医生观察到全部的肠道，还可以观察到其它检查手段无法检测到的肠道周围组织。医生往往通过这项检查来进一步明确病变的部位、范围以及有无并发症 (如是否有部分肠梗阻、脓肿或瘘管)。尽管CT扫描是一种无创检查，但比起普通的X线检查，它会让你暴露于更多的有害射线中。
- 胶囊内镜检查：如果你的症状提示患有克罗恩病，但常规的诊断测试无法确认时，医生可能会对你进行胶囊内镜检查。在这项检查中，医生让你吞入一颗内部含有摄像头的胶囊，它在通过消化道时能拍摄肠壁的图像并传输到电脑中，因此医生根据这些图像来检查有无克罗恩病的征象。一旦胶囊行至消化道的末端时，它可以随粪便排出体外，这个过程病人不会感到任何疼痛或不适。胶囊内镜检查通常非常安全，但是如果肠道中有部分肠梗阻，胶囊内镜有被卡在肠道中的风险。因此在进行胶囊内镜检查前，医生会通过其它检查手段来查找有无部分肠梗阻，以避免出现胶囊内镜被卡的可能。如果胶囊内镜真的被卡在肠道中，医生可能需要通过手术将它取出。
