克罗恩病的临床表现多种多样，症状的程度也轻重不一，病情可以逐渐进展，也可以毫无预示的突然起病。两次病情发作之间可能会有很长的缓解期。常见的症状包括：
- 腹泻：肠道炎症会导致受累肠段的细胞分泌大量的水和电解质。由于结肠无法完全吸收这些过多的液体，因此病人会出现腹泻。对于病情较轻的患者，可能只表现为大便较稀，或是排便次数比平常要多。但是对于病情严重的患者，一日排便次数可达十多次，这不仅会影响睡眠，还会影响其它日常活动。
- 腹痛：轻度的克罗恩病会引起轻到中度的腹痛，如果是重度患者，其腹痛可能会十分剧烈，且伴有恶心和呕吐。
- 血便：当食物经过发炎的消化道时，可能会引起肠壁组织出血。有时即使没有食物经过，肠壁也可能会因为发炎而自行出血。
- 溃疡：克罗恩病可能会引起肠道表面出现小而分散的溃疡，随着病情的加重，这些溃疡可能会逐渐变大变深，最终甚至能穿破肠壁。另外，你的口腔中也可能会出现类似口疮似的溃疡。
- 食欲下降及体重减轻：腹痛及肠壁的炎症反应不仅会影响你的食欲，还会干扰食物的消化和吸收，以至造成体重下降。
