克罗恩病可能会导致许多并发症，它们包括：
- 肠梗阻：克罗恩病会影响肠壁的厚度，即随着时间的推移，部分肠壁可能会增厚，肠腔变得狭窄，以至于消化道中的食物难以顺利通过受累肠段。
- 肛裂：肛裂是指肛门或肛周皮肤出现破裂，这很容易并发感染，因此在排便时会感到疼痛。
- 营养不良：腹泻和腹痛不但会影响你的进食，还会干扰肠道吸收，导致营养不良。
- 瘘管或脓肿：克罗恩病的炎症可能会穿透肠壁，累及邻近的器官 (如膀胱或阴道)，以至于产生异常的通道 (称为瘘管) 或形成脓肿。瘘管有时还可能穿透皮肤，其中一个常见的发生部位是肛周的皮肤，当发生这种情况时，称之为肛周瘘 (Fistula)。
- 结肠癌及肛门癌：克罗恩病会增加病人患上结肠癌的风险。患病的时间越长和病变的区域越大，则发生结肠癌的风险就越高。如果你患克罗恩病有8年或8年以上，你应该定期进行结肠癌的筛查。另外，克罗恩病患者得其它癌症的几率也会增加，比如肛门癌。因此如果你有持续或反复的肛周症状，医生可能需要全面检查你的肛周区域以排除肛门癌。不过，尽管克罗恩病会升高癌症的风险，但是 90% 以上的病人从未患上过癌症。
- 其它健康问题：严重的克罗恩病患者可能会出现发热、疲劳感及一些非消化系统疾病的症状，如关节炎、眼部或皮肤发炎、肾结石、胆结石，偶尔还会出现肝脏或胆管的炎症。没人知道为什么会出现这些并发症。一些研究者认为这可能是因为上面提到的免疫反应在引发肠道炎症的同时，也会引起身体其它部位的炎症。另外，病程较长的克罗恩病患者还可能出现骨质疏松。尽管不知道导致骨质疏松的确切原因，但估计这可能与体内维生素K因肠道吸收不良而水平较低有关 (钙与骨质结合时需要维生素K的帮助)。患有克罗恩病的儿童也可能出现生长发育迟缓的现象。
