目前对克罗恩病的治疗目标是控制肠道炎症，从而减轻相关症状，甚至使病情进入无症状的缓解期。克罗恩病的治疗手段包括药物治疗和手术治疗。在使用药物治疗时，医生可能会用几种不同种类的药物，根据不同的机理来控制炎症。由于药效因人而异，即对他人有效的药物对你未必有效，因此你可能需要试服不同药物以找到对你有效的那种药物。另外一个需要注意的是，由于一些药物有严重的副反应，因此在使用前你需要权衡利弊，并且在服用期间要密切监测这些副反应。
抗炎药物
消炎药通常是治疗炎症性肠病的首选药物，它们包括：
- 柳氮磺胺吡啶：虽然它能有效缓解症状，但有许多的副反应。如果你对磺胺类药物类药物过敏，则禁用此药。
- 美沙拉秦：这类药物较柳氮磺胺吡啶有较少的副反应。
- 皮质类固醇激素：皮质类固醇激素虽能减轻身体任何部位的炎症，但也有众多的副反应，因此不建议长期使用 (使用时间一般不应超过4个月)。医生往往只对中到重度的炎症性肠病患者在其它治疗方法无效时，才使用皮质类固醇激素。医生有时也会将皮质类固醇激素与其它药物联用以使病情得到有效的控制和缓解。例如，皮质类固醇激素可以和免疫抑制剂联用，皮质类固醇激素用来 “诱导” 缓解，免疫抑制剂则帮助维持缓解期。一种名为布地奈德的新型皮质类固醇激素不仅比传统的类固醇激素起效快，副反应也较少。