目前对克罗恩病的治疗目标是控制肠道炎症，从而减轻相关症状，甚至使病情进入无症状的缓解期。克罗恩病的治疗手段包括药物治疗和手术治疗。在使用药物治疗时，医生可能会用几种不同种类的药物，根据不同的机理来控制炎症。由于药效因人而异，即对他人有效的药物对你未必有效，因此你可能需要试服不同药物以找到对你有效的那种药物。另外一个需要注意的是，由于一些药物有严重的副反应，因此在使用前你需要权衡利弊，并且在服用期间要密切监测这些副反应。
抗炎药物
消炎药通常是治疗炎症性肠病的首选药物，它们包括：
- 柳氮磺胺吡啶：虽然它能有效缓解症状，但有许多的副反应。如果你对磺胺类药物类药物过敏，则禁用此药。
- 美沙拉秦：这类药物较柳氮磺胺吡啶有较少的副反应。
- 皮质类固醇激素：皮质类固醇激素虽能减轻身体任何部位的炎症，但也有众多的副反应，因此不建议长期使用 (使用时间一般不应超过4个月)。医生往往只对中到重度的炎症性肠病患者在其它治疗方法无效时，才使用皮质类固醇激素。医生有时也会将皮质类固醇激素与其它药物联用以使病情得到有效的控制和缓解。例如，皮质类固醇激素可以和免疫抑制剂联用，皮质类固醇激素用来 “诱导” 缓解，免疫抑制剂则帮助维持缓解期。一种名为布地奈德的新型皮质类固醇激素不仅比传统的类固醇激素起效快，副反应也较少。
免疫系统抑制剂
这些药物不是直接用于控制炎症本身，而是通过抑制免疫系统来达到减轻炎症的目的。除了可能给病人带来一些常见的副反应之外，免疫系统抑制剂还可能会稍稍增加癌症的风险，尽管如此，有时仍有必要使用它们来提高克罗恩病患者的生活质量、避免手术及住院治疗。常用的免疫抑制剂包括：
- 硫唑嘌呤和6-巯基嘌呤：他们是最常用于治疗炎症性肠病的免疫抑制剂。虽然这些药物起效需要三个月，但是一般都能够帮助减轻炎症性肠病的症状，而且对治疗克罗恩病中出现的瘘管特别有效。
- 英夫利昔单抗：这类药物适用于有中重度病情而且对其它治疗无效或不能耐受其它治疗的克罗恩病患者。英夫利昔单抗通过阻断TNF达到治疗的效果。TNF是一种名为肿瘤坏死因子的蛋白，它会引发肠道炎症和瘘管的发生。值得注意的是，一些患有心力衰竭、多发性硬化、癌症或有癌症家族史的人不能使用英夫利昔单抗。另外，由于使用TNF抑制剂还会增加一些感染 (如结核病及某些侵入性真菌感染) 的风险，因此在使用英夫利昔单抗之前，你应当进行结核病的皮肤测试。如果你居住在或旅行过结核病流行地区，使用前最好拍胸片检查。英夫利昔单抗往往作为长期治疗使用，尽管随着时间的推移它的药效会减退。
- 阿达木单抗：阿达木单抗适用于中到重度的克罗恩病患者，它的作用机制与英夫利昔单抗类似，也是通过阻断TNF起效。阿达木单抗常用于那些对英夫利昔单抗及其它药物无效的患者。它不仅可以减轻克罗恩病的症状，也可以 “诱发” 缓解期。尽管如此，与英夫利昔单抗类似，它也带有并发感染的风险，如结核病及某些类型的侵入性真菌。因此在使用阿达木单抗治疗之前，医生一般会建议你做一下结核病的皮肤测试。
- Certolizumab pegol：与英夫利昔单抗和阿达木单抗相似，最近得到美国药检局批准的 Certolizumab pegol 也是一种TNF的阻断剂。它主要用于治疗病情中到重度且对其它治疗无效的克罗恩病患者。与其它TNF抑制剂一样，它也有出现某些严重感染的风险，如结核病。
- 甲氨蝶呤：此药通常用于治疗癌症，但有时也用于治疗对其它药物无效的克罗恩病患者。值得注意的是，对于准备受孕的女性，不能服用甲氨蝶呤。
- 环孢霉素 A：它通常用于治疗对其它药物无效的克罗恩病患者，是一种最常用于治疗克罗恩病瘘管并发症的强效药物，
- 那他珠单抗：这类药物通过抑制整联蛋白来减轻慢性炎症。它通常用于治疗中到重度克罗恩病患者，以及治疗对其它药物无效的患者。由于服用这类药物可能会导致一种罕见但比较严重的多灶性脑白质病 (一种可能导致死亡或严重残疾的脑部感染) 的风险，因此使用前你应当与医生商讨利弊。
抗生素
抗生素常用来治疗克罗恩病患者中的瘘管与脓肿。另外，抗生素还能帮助对付肠道内的有害病菌，这有助于抑制肠道的免疫系统。常用的抗生素包括：
- 甲硝唑 (灭滴灵)：甲硝唑曾经是治疗克罗恩病最常用的抗生素，但它有时会引起严重的副反应，如手脚的麻木和针刺感 ，偶尔还会引起肌肉的疼痛或无力。一旦出现这些副反应，应立即停药并咨询医生。另外，在服用此药时不可以饮酒，因为两者可能引起严重的反应。
- 环丙沙星：某些克罗恩病患者服用此药后症状会有明显改善，目前一般认为它比甲硝唑要好一些。
其它药物
在治疗克罗恩病时，除了使用上述药物来控制炎症之外，医生还会建议服用一些下面的药物和补充剂来帮助缓解其它症状：
- 止泻药：服用纤维补充剂 (如欧车前粉剂或甲基纤维素) 能帮助缓解轻到中度的腹泻症状。对于更为严重的腹泻，使用洛哌丁胺 (比如易蒙停胶囊) 治疗较有效。不过止泻药要慎用，使用前最好咨询一下医生，因为这类药物会增加发生中毒性巨结肠 (一种危及生命的结肠感染) 的风险。
- 泻药：在一些患者中，肠壁的水肿会引起肠腔的狭窄，进而导致便秘，因此可能需要服用一些缓泻药。但你在服用任何泻药之前，应当先咨询一下医生，因为即使是一些低剂量的非处方药也会对你的身体造成过强的刺激。
- 止痛药：对于轻度的疼痛，医生常建议服用对乙酰氨基酚 (比如泰诺林等) 来缓解疼痛。但是不要服用非甾体类抗炎药 (NSAIDs)，如阿斯匹林、布洛芬、或甲氧萘丙酸钠等，因为这些药物有可能会加重症状。
- 铁补充剂：如果你有慢性肠道出血，可能会导致缺铁性贫血。服用铁补充剂可以增加体内的铁含量至正常水平，以减少这种贫血的发生。
- 补充营养：在有些情况下，医生可能会建议你进行肠内营养 (特制食物经饲管进入肠道) 或肠外营养 (营养素经静脉注入体内) 来治疗你的克罗恩病。这种方法能全面补充营养，还可以让肠道休息。肠道休息可以在短期内减轻肠道炎症 (但一旦恢复正常饮食，症状可能又会出现)。肠内及肠外营养一般用于手术前的病人，使得他们有较健康的状态承受手术，或者用于治疗对其它药物无效的病人。
- 维生素 B-12 ：维生素 B-12 能帮助预防贫血、促进正常的生长发育、以及帮助维持正常的神经功能。在食物的消化吸收过程中，由于 B-12 是在末端回肠 (小肠的一部分，可被克罗恩病累及) 被吸收，所以如果末端回肠的炎症干扰了维生素 B-12 的正常吸收，或者末端回肠被手术切除，那么你需要一辈子注射维生素 B-12 (每月一次) 作为补充。
- 钙剂和维生素D：大多数患有克罗恩的人需要补充添加有维生素D的钙剂，这是因为克罗恩病本身以及服用的类固醇药物都会增加患骨质疏松症的风险。
手术治疗
如果通过改变饮食和生活方式、使用药物或其它治疗方法仍不能缓解你的症状，医生可能会建议进行手术治疗，这包括切除病变的肠段、关闭瘘管、除去瘢痕组织、以及扩张过于狭窄的肠段。可惜的是，手术治疗克罗恩病的疗效往往是暂时的，最多只能维持数年。手术后炎症常常会复发，常见的复发部位包括肠段的手术缝合处，或者消化道上的其它部位。将近 75% 的克罗恩病患者最终需要手术治疗。其中大约 50% 的患者需要再次进行手术，有些患者甚至可能需要进行第三次手术。最好的方法则是在手术后接着进行药物治疗，以减少复发的风险。