目前还不是很清楚到底是什么原因导致肠易激综合征的。肠道壁包绕着多层肌肉组织 (见下图)。在正常情况下，它们的收缩和放松具有非常协调的节奏，使食物可以正常的速度从胃部顺利通过肠道，经消化吸收后排出。
如果你患有肠易激综合征，在有些情况下，肠道的收缩比正常的要强，使食物通过肠道过快，造成多气、腹胀和腹泻。在另外一些情况下，恰恰相反，肠道的收缩比正常的要弱，使食物在肠道中停留时间过久，以至于水分被过度吸干，粪便变得干硬，造成便秘。神经系统或结肠异常也可能在其中起一定的作用，让你感到更加不舒服。
不知道是什么原因，有些因素虽然对常人没有影响，但可能会触发肠易激综合征患者发病。这些触发因素包括：
- 某些食物：许多肠易激综合征患者发现，他们的症状在吃了某些食物之后会恶化。例如，巧克力、牛奶和酒可能会引起便秘或腹泻。碳酸饮料和某些水果蔬菜可能导致腹胀和不舒服。
- 精神压力：虽然精神压力不会导致肠易激综合征，但如果你患有肠易激综合征，精神压力可加重你的症状，或使病情发作更加频繁。
- 激素：因为女性患上肠易激综合征的机率是男性的两倍，因此医生认为，激素在其中可能起一定的作用。确实，许多女性患者发现，她们的症状在月经期间往往更加严重。
- 其它疾病：有时其它疾病，比如急性腹泻或肠胃炎，可能会触发肠易激综合征。
风险因素
很多人都可能偶而有过肠易激综合征。这种疾病对那些有下列风险因素的人来说，尤其容易发生：
- 年轻：一半以上的肠易激综合征患者在35岁之前就开始发病。
- 女性：总体而言，女性的发病率是男性的两倍。
- 家族史：有研究发现，如果你的直系亲属 (父母或兄弟姐妹) 中有人患有肠易激综合征，那么你患上该病的风险也会增加。
关于家族史对肠易激综合征的影响，研究人员目前正在研究这到底是遗传基因造成的，还是类似的生活环境造成的，或两者共同造成的。