由于肠易激综合征通常没有特异的症状，因此诊断时一般是通过“排除法”，即排除其它具有类似症状的疾病。为了帮助诊断，医学研究人员开发了一套诊断标准，称为“罗马标准”，主要用来诊断那些肠道看起来很正常的功能性肠病 (包括肠易激综合征)。
根据这套标准，你必须具有某些症状才能被诊断为肠易激综合征。其中最重要的症状是腹部疼痛和不适，历时至少12个星期以上 (但不一定要连着)。另外，你还必须满足下面4个条件中的2个或以上：
- 排便的频率或模式出现变化：比如，你原先可能是每天一次正常大便，现在变成一天三次或更多次的稀便，或者变成三天一次的硬便。
- 大便困难、或急便、或有大便不尽感。
- 大便中有粘液。
- 腹胀。
另外，医生可能还会建议你进行下面的一些检查，以排除可引起类似症状的其它疾病：
- 乙状结肠镜检查：在这项检查中，医生通过一根纤细的、有光源的管子直接观察你的直肠和乙状结肠 (大约是结肠的末端60厘米)。在做乙状结肠镜检查时，病人会有些不舒服。另外，它也有导致结肠穿孔的风险，但是它的风险比结肠镜检查要低。
- 结肠镜检查：它和乙状结肠镜检查类似，但是所用的仪器 (即结肠镜) 是一根更长的纤细管子，并与摄像机和控制部分相连，因此医生可以通过它检查你的直肠和整个结肠。结肠镜检查需要半个小时左右。为了使你在检查过程中不难受，医生可能会对你进行轻度麻醉。结肠镜检查的风险包括结肠壁出血或穿孔。
- 计算机断层扫描 (CT)：腹部和骨盆的 CT 扫描也可帮助排除其它疾病。
- 乳糖不耐受检查：乳糖不耐受也称为乳糖酶缺乏症，是指人体缺乏乳糖酶 (一种由小肠粘膜产生的消化酶)，以至于无法完全消化乳制品中的乳糖。通常，该疾病不会对人体造成危害，但会产生类似于肠易激综合征的症状，包括腹痛、腹泻和胀气。为了诊断你是否对乳糖不耐受，医生可能会建议你做一些检查，比如乳糖耐量检查或氢呼气检查，或者让你停止摄入牛奶和其它乳制品，看看症状是否会消失。
- 血液检查：血液检查可以帮助诊断你是否患有乳糜泻。乳糜泻也称为谷蛋白敏感性肠病，是一种与谷蛋白摄入有关的消化系统疾病。面包、面条以及其它含有小麦、大麦或黑麦的食物中都含有谷蛋白。当乳糜泻患者摄入了含有谷蛋白的食物后，小肠粘膜会发生一种免疫反应，导致小肠粘膜破坏，引起与肠易激综合征类似的症状。在乳糜泻患者的体内，某些抗体的水平较正常人高。抗体是一些特异性的蛋白质，它们是人体免疫系统的组成部分，负责清除侵入体内的有害外来物质。不知什么原因，乳糜泻患者的免疫系统可能误将摄入的谷蛋白视为有害的外来物质，因此分泌大量的抗体来对付这些谷蛋白，在患者的血液中往往可以检测到这种水平升高的抗体。这种抗体检测方法可以用来初步筛查是否患有乳糜泻。