食物消化后的废物是通过肠道肌肉的收缩而排出去的。当食糜残渣通过大肠时，其中大部分的水分和电解质会被大肠重新吸收，这些水分和电解质对人体机能的正常运作有着重要的作用。如果由于某种原因 (比如食糜残渣因肠道蠕动的速度减慢而在大肠中停留过久) 导致水分被过度吸收，你就有可能会出现便秘。
以下几个因素都可能引起肠道蠕动的速度减慢：
- 液体或水分摄入不足
- 饮食中缺乏纤维素
- 没有定时的排便习惯
- 年龄变大
- 缺乏锻炼或体力活动
- 怀孕
- 某些疾病
另外，当促进肠道运动的肌肉出现不协调时也可能会发生便秘，这种情况被称为骨盆底功能障碍或者肛门痉挛。如果患有此病，即使大便质软，也会引起排便困难。此外，很多药物也可引起便秘，这包括一些用于治疗帕金森病、高血压病和抑郁症的药物。麻醉药也有类似的副作用。需要注意的是，长期使用通便药 (泻药) 往往会使情况加重，并且可能最终导致便秘。有时儿童可能会因为忘记上厕所而出现便秘，而幼儿可能由于害怕或者不愿意上厕所而发生便秘。还有，在某些比较少见的情况下，便秘可能提示有更严重的健康问题，比如患上了结肠癌、内分泌紊乱或者自身免疫病等。